Во время Крымской войны 1853—1856 гг. были разрушены почти все дома в поселке и здание грязелечебницы. В 1857 г. на берегу Сакского озера вновь строятся бараки военного госпиталя, в которых размещали раненых участников обороны Севастополя. Организацией лечебного дела занимался здесь выдающийся русский хирург Н. И. Пирогов (сведения об этом содержатся в его «Севастопольских письмах»).
Грязелечебница была восстановлена в 1858 г. Больных приезжало очень мало и лечились в ней преимущественно военные.
Вскоре нашелся ловкий делец, который взялся оживить курортное грязелечение в Саках. Это был прусский врач Е. Поспишиль, перешедший в Крымскую кампанию на русскую службу. В 1864 г. он принял Сакское грязелечебное заведение в аренду сроком на 15 лет. При этом он платил губернской врачебной управе мизерную арендную плату — 300 рублей в год, а получал тысячи рублей прибыли. Все годы его аренды методика грязелечения оставалась до крайности примитивной: больного держали в грязи до обморочного состояния. Правда, одно новшество было введено Поспишилем: в грязелечебнице установили ванны, высеченные из сарматского известняка. В них больные не могли лежать, а лишь сидели, поджав ноги (одна из таких ванн сохранилась до наших дней: она стоит как экспонат у входа в краеведческий музей, в курортном парке). Постройки курорта обветшали. Все было убого, уныло на пустынном берегу соленого озера.
В 1877 г. кончился срок аренды Поспишиля. Желающих взять заведение на новый срок не находилось: в него надо было вложить большие средства. Нельзя было и закрыть лечебницу — в Саки продолжали приезжать люди с надеждой на исцеление.
В мае 1880 г. сакская грязелечебница перешла в ведение Таврического губернского земства. Им был намечен план реконструкции и дальнейшего расширения грязелечебницы, строительства водолечебницы, гостиниц, бараков для неимущих больных и пр. Для осуществления этого плана требовались большие средства. Земская управа неоднократно ходатайствовала перед царским правительством о безвозвратном пособии, но неизменно получала отказ. Пришлось вкладывать в развитие курорта средства, взятые взаймы в кассе земства. К началу XX в. в Саках были построены новая гостиница на 70 номеров, бараки для больных, хозяйственные постройки, дома для медицинского персонала, сооружены два здания с площадками для солнечного нагрева и приема грязевых ванн. За двадцать лет (1880—1900) земство израсходовало на развитие курорта 200 тысяч рублей; за эти же годы оно получило около 222 тысяч рублей прибыли.
Позднее для нужд курорта была прикуплена земля у общины Сакской волости. В 1912 г. возведено здание Института физических методов лечения, а через два года — хирургический клинический корпус.